Biopolym. Cell. 1988; 4(1):3-7.
Структура и функции биополимеров
Термодинамика взаимодействия деацилированной инициаторной тРНК и аминоацил-тРНК с Р- и А-сайтами 30S субчастиц рибосом Escherichia coli на матрице AUG(U)n
1Гобштис Н. А., 1Одинцов В. Б., 1Кириллов С. В.
  1. Ленинградcкий институт ядерной физики им. Б. П. Константинова АН СССР
    Гатчина, Ленинградcкая обл., СССР

Abstract

В модельной системе инициации биосинтеза белка показано, что деаци- лированная инициаторная тРНК (TPHKfMet или fMet-tPHKfMet – в случае образования дипептида) связывается на Р-сайт 30S субчастицы комплекса [30S+AUG(U)„]. Далее этот тройной комплекс способен связывать вторую молекулу тРНК – Рhе-тРНКPhe на А-сайт, и при добавлении 50S субчастиц образовывается дипептид fMet-Phe. Таким образом, на 30S субчастице имеются два сайта связывания тРНК, которые реализуются как функциональные Р- и А-сайты 70S рибосомы не только в поли (U)-зависимой системе, но и в исследованной системе с матрицей, несущей инициаторный кодон AUG. Измерены константы ассоциации TPHKfMet с комплексом [30S +AUG(U)n] и Phe-тPHKphe с комплексом [30S+AUG(U)n+тPHKfMet] при разных температурах и концентрациях ионов магния, рассчитаны термодинамические параметры этих взаимодействий.

References

[1] Adams JM, Capecchi MR. N-formylmethionyl-sRNA as the initiator of protein synthesis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1966;55(1):147-55.
[2] Bretscher MS, Marcker KA. Polypeptidyl-sigma-ribonucleic acid and amino-acyl-sigma-ribonucleic acid binding sites on ribosomes. Nature. 1966;211(5047):380-4.
[3] Lucas-Lenard J, Lipmann F. Initiation of polyphenylalanine synthesis by N-acetylphenylalanyl-SRNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1967;57(4):1050-7.
[4] Shine J, Dalgarno L. Determinant of cistron specificity in bacterial ribosomes. Nature. 1975;254(5495):34-8.
[5] Stormo GD, Schneider TD, Gold LM. Characterization of translational initiation sites in E. coli. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2971-96.
[6] Katunin VI, Semenkov YP, Makhno VI, Kirillov SV. Comparative study of the interaction of polyuridylic acid with 30S subunits and 70S ribosomes of Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1980;8(2):403-21.
[7] Clark B. F. C. Structure of tRNA during protein biosynthesis. Ribosomes: structure, function and genetics . Eds G. Chambliss et al. Baltimore: Univ. Park press, 1980:413-443.
[8] Ofengand J. The topography of tRNA binding sites on the ribosomes. Eds G. Chambliss et al. Baltimore: Univ. Park press, 1980:497-529.
[9] Semenkov YuP, Makarov EM, Kirillov SV. Quantitative study of interaction of deacylated tRNA with the P, A and E sites of Escherichia coli ribosomes. Biopolym Cell. 1985; 1(4):183-93.
[10] Walker RT, RajBhandary UL. Studies on polynucleotides. CI. Escherichia coli tyrosine and formylmethionine transfer ribonucleic acids: effect of chemical modification of 4-thiouridine to uridine on their biological properties. J Biol Chem. 1972;247(15):4879-92.
[11] Aoyagi S, Inoue Y. Oligonucleotide studies. I. Isolation of dinucleotides and seven trinucleotides from ribonuclease T-1 digests of nucleic acids and their ultraviolet spectral characterizations. J Biol Chem. 1968;243(3):514-20.
[12] Szer W, Kurylo-Borowska Z. Effect of edeine on aminoacyl-tRNA binding to ribosomes and its relationship to ribosomal binding sites. Biochim Biophys Acta. 1970;224(2):477-86.
[13] Semenkov YuP, Makarov EM, Makhno VI, Kirillov SV. Kinetic aspects of tetracycline action on the acceptor (A) site of Escherichia coli ribosomes. FEBS Lett. 1982;144(1):125-9.
[14] Schmitt M, Neugebauer U, Bergmann C, Gassen HG, Riesner D. Binding of tRNA in different functional states to Escherichia coli ribosomes as measured by velocity sedimentation. Eur J Biochem. 1982;127(3):525-9.
[15] Kirillov SV. Codon-anticodon mechanism of interaction in ribosomes. Results of science and technology. Moscow, VINITI, 1983; 5-98 (Biol. Chemistry, Vol. 18).
[16] Ganoza MC, Sullivan P, Cunningham C, Hader P, Kofoid EC, Neilson T. Effect of bases contiguous to AUG on translation initiation. J Biol Chem. 1982;257(14):8228-32.