Biopolym. Cell. 2017; 33(3):214-220.
Молекулярная и клеточная биотехнологии
Получение рекомбинантного аналога Y-бокс-связывающего белка 1 и его взаимодействие с поли(АДФ-рибозой), РНК, одно- и двухцепочечной ДНК
1Алемасова Е. Е., 1, 2Науменко К. Н., 1Пестряков П. Е., 1, 2Лаврик О. И.
  1. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
    пр. ак. Лаврентьева, 8, Новосибирск, Российская Федерация, 630090
  2. Новосибирский государственный университет
    ул. Пирогова, 2, Новосибирск, Российская Федерация, 630090

Abstract

Цель. Получение рекомбинантного гистидин-меченого Y-бокс-связывающего белка 1 и исследование его взаимо-действий с ДНК, РНК и поли(АДФ-рибозой). Методы. Безлигазное клонирование, ПЦР, секвенирование по Сэнге-ру, хроматография, электрофорез в полиакриламидном геле и метод задержки в геле. Результаты. кДНК YB-1 со-держит две ранее недокументированные одиночные нуклеотидные замены. Сконструирован вектор для экспрес-сии гистидин-меченого белка YB-1 и разработана соответствующая методика очистки белка. Методом задержки в геле показано, что поли(АДФ-рибоза) конкурирует с одно- и двухцепочечными ДНК, а также РНК, за связывание рекомбинантного гистидин-меченого белка YB-1. Выводы. В настоящей работе мы разработали и оптимизировали процедуру получения рекомбинантного белка YB-1 из бактериальных клеток. Мы установили, что поли(АДФ-рибоза) в высокой концентрации способна вытеснять белок YB-1 из его комплексов с ДНК и РНК, что указывает на возможность участия YB-1 в репарации ДНК.
Keywords: YB-1, получение рекомбинантного белка, поли(АДФ-рибоза) (PAR), репарация ДНК

References

[1] Lyabin DN, Eliseeva IA, Ovchinnikov LP. YB-1 protein: functions and regulation. Wiley Interdiscip Rev RNA. 2014; 5(1): 95–110.
[2] D'Amours D, Desnoyers S, D'Silva I, Poirier GG. Poly(ADP-ribosylation reactions in the regulation of nuclear functions. Biochem J. 1999; 342(Pt 2): 249–68.
[3] Muthurajan UM, Hepler MR, Hieb AR, Clark NJ, Kramer M, Yao T, Luger K. Automodification switches PARP-1 function from chromatin architectural protein to histone chaperone. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014; 111(35):12752–57.
[4] Rulten SL, Rotheray A, Green RL, Grundy GJ, Moore DA, Gómez-Herreros F, Hafezparast M, Caldecott KW. PARP-1 dependent recruitment of the amyotrophic lateral sclerosis-associated protein FUS/TLS to sites of oxida-tive DNA damage. Nucleic Acids Res. 2014; 42(1): 307–14.
[5] Teloni F, Altmeyer M. Readers of poly(ADP-ribose): designed to be fit for purpose. Nucleic Acids Res. 2016; 44(3): 993–1006.
[6] Kretov DA, Curmi PA, Hamon L, Abrakhi S, Desforges B, Ovchinnikov LP, Pastré D. mRNA and DNA selection via protein multimerization: YB-1 as a case study. Nucleic Acids Res. 2015; 43(19):9457–73.
[7] Studier FW. Stable expression clones and auto-induction for protein production in E. coli. Methods Mol Biol. 2014; 1091:17–32.
[8] Alemasova EE, Moor NA, Naumenko KN, Kutuzov MM, Sukhanova MV, Pestryakov PE, Lavrik OI. Y-box-binding protein 1 as a non-canonical factor of base excision repair. Biochim Biophys Acta. 2016; 1864(12):1631–40.