Biopolym. Cell. 2014; 30(3):229-233.
Биомедицина
PPM1M и PRICKLE2 как потенциальные гены – супрессоры опухолей в светлоклеточной карциноме почки человека
1Руденко Е. Е., 1Геращенко А. В., 1Лапская Ю. В., 2Возианов С. А., 2Згонник Ю. М., 1Кашуба В. И.
  1. Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины
    ул. Академика Заболотного, 150, Киев, Украина, 03680
  2. Государственное учреждение «Институт урологии Национальной академии медицинских наук Украины»
    ул. Ю. Коцюбинского, 9-А, Киев, Украина, 04053

Abstract

Цель. Исследовать уровень экспрессии PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных карциномах почки (ccRCC) и предложить механизм, ведущий к изменениям экспрессии генов в опухолях. Методы. Анализ баз данных GEO, количественная ПЦР (Q-ПЦР), бисульфитное секвенирование, метил-специфическая ПЦР, поиск делеций. Результаты. Мы выявили, что экспрессия гена PPM1M снижена в 33,3 % образцов ccRCC, тогда как гена PRICKLE2 – в 83 % образцов ccRCC. Метилирование промоторной зоны и делеции в генах PPM1M и PRICKLE2 не обнаружены. Выводы. Наши данные показывают, что PRICKLE2 и PPM1M могут быть кандидатами в гены-супрессоры для ccRCC.
Keywords: светлоклеточная карцинома почек, генетическая и эпигенетическая регуляция, количественная ПЦР в реальном времени, делеции, статус метилирования

References

[1] Bhat S. Role of surgery in advanced/metastatic renal cell carcinoma. Indian J Urol. 2010;26(2):167-76.
[2] Dmitriev AA, Rudenko EE, Kudryavtseva AV, Krasnov GS, Gordiyuk VV, Melnikova NV, Stakhovsky EO, Kononenko OA, Pavlova LS, Kondratieva TT, Alekseev BY, Braga EA, Senchenko VN, Kashuba VI. Epigenetic alterations of chromosome 3 revealed by NotI-microarrays in clear cell renal cell carcinoma. BioMed Research International. 2014 (2014), Article ID 735292, 9 p.
[3] Henmi T, Amano K, Nagaura Y, Matsumoto K, Echigo S, Tamura S, Kobayashi T. A mechanism for the suppression of interleukin-1-induced nuclear factor kappaB activation by protein phosphatase 2Ceta-2. Biochem J. 2009;423(1):71-8.
[4] Katoh M. WNT/PCP signaling pathway and human cancer (review). Oncol Rep. 2005;14(6):1583-8.
[5] Senchenko VN, Kisseljova NP, Ivanova TA, Dmitriev AA, Krasnov GS, Kudryavtseva AV, Panasenko GV, Tsitrin EB, Lerman MI, Kisseljov FL, Kashuba VI, Zabarovsky ER. Novel tumor suppressor candidates on chromosome 3 revealed by NotI-microarrays in cervical cancer. Epigenetics. 2013;8(4).
[6] Dmitriev AA, Kashuba VI, Haraldson K, Senchenko VN, Pavlova TV, Kudryavtseva AV, Anedchenko EA, Krasnov GS, Pronina IV, Loginov VI, Kondratieva TT, Kazubskaya TP, Braga EA, Yenamandra SP, Ignatjev I, Ernberg I, Klein G, Lerman MI, Zabarovsky ER. Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with NotI-microarrays. Epigenetics. 2012;7(5):502-13.
[7] Kashuba V, Dmitriev AA, Krasnov GS, Pavlova T, Ignatjev I, Gordiyuk VV, Gerashchenko AV, Braga EA, Yenamandra SP, Lerman M, Senchenko VN, Zabarovsky E. NotI Microarrays: Novel Epigenetic Markers for Early Detection and Prognosis of High Grade Serous Ovarian Cancer. Int J Mol Sci. 2012;13(10):13352-77.
[8] Gerashchenko GV, Bogatyrova OO, Rudenko EE, Kondratov AG, Gordiyuk VV, Zgonnyk YM, Vozianov OF, Pavlova TV, Zabarovsky ER, Rynditch AV, Kashuba VI. Genetic and epigenetic changes of NKIRAS1 gene in human renal cell carcinomas. Exp Oncol. 2010;32(2):71-5.
[9] Jung M, Ramankulov A, Roigas J, Johannsen M, Ringsdorf M, Kristiansen G, Jung K. In search of suitable reference genes for gene expression studies of human renal cell carcinoma by real-time PCR. BMC Mol Biol. 2007;8:47.
[10] Rudenko EE, Gerashchenko GV, Lapska YV, Bogatyrova OO, Vozianov SO, Zgonnyk YM, Kashuba VI. Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma. Biopolym Cell. 2013;29(5):395–401.
[11] Daulat AM, Luu O, Sing A, Zhang L, Wrana JL, McNeill H, Winklbauer R, Angers S. Mink1 regulates ?-catenin-independent Wnt signaling via Prickle phosphorylation. Mol Cell Biol. 2012;32(1):173-85.