Biopolym. Cell. 2010; 26(2):115-120.
Структура и функции биополимеров
Идентификация и функциональный анализ альтернативного промотора гена интерсектина 1 человека
1Кропивко С. В., 1Цыба Л. А., 1Скрипкина И. Я., 1Рындич А. В.
  1. Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины
    ул. Академика Заболотного, 150, Киев, Украина, 03680

Abstract

Ген интерсектина 1 (ITSN1) кодирует эволюционно консервативный адаптерный белок, участвующий в клатрин-опосредованном эндоцитозе, внутриклеточной передаче сигнала, апоптозе и реорганизации цитоскелета. Его экспрессия характеризуется многочисленными событиями альтернативного сплайсинга. Дополнительным способом достижения разнообразия и тонкой регуляции экспрессии генов является использование альтернативных промоторов. Цель данной работы состояла в обнаружении возможных альтернативных промоторов гена ITSN1. Методы. Применены компьютерное предсказание, 5' RACE, RT-PCR и тест, основанный на анализе экспрессии репортерного гена. Результаты. Нами выявлен альтернативный промотор гена ITSN1 человека, локализованный в 5-м интроне, в результате использования которого образуются транскрипты с открытой рамкой считывания и консенсусной последовательностью Козак, способные кодировать изоформы ITSN1 без первого ЕН-домена. Показано, что участок, находящийся за 246–190 п. н. до начала 6-го экзона, необходим для функционирования альтернативного промотора. Транскрипты ITSN1, полученные с альтернативного промотора, обнаружены в тканях почек, печени, легких и мозга человека, но уровень их экспрессии значительно ниже по сравнению с основными изоформами ITSN1. Выводы. Полученные результаты свидетельствуют о том, что альтернативный промотор, локализованный в 5-м интроне гена ITSN1, функционирует как слабый промотор. Дальнейшие исследования необходимы для выяснения функции транскриптов ITSN1 с альтернативным 5'-концом.
Keywords: интерсектин 1, альтернативный промотор, альтернативный сплайсинг, 5' UTR, адаптерные белки

References

[1] Pechstein A., Shupliakov O., Haucke V. Intersectin 1: a versatile actor in the synaptic vesicle cycle Biochem. Soc. Trans 010 38, Pt 1 P. 181–186.
[2] Tsyba L. O., Skrypkina I. Ya., Nikolaienko O. V., Ferenent G. O., Gordiyuk V. V., Gardiner K., Rynditch A. V. Alternative splicing of intersectin 1 gene pre-mRNA: expression of transcriptional isoforms Biopolym. Cell 2004 20, N 6 P. 515–523.
[3] Pucharcos C., Casas C., Nadal M., Estivill X., de la Luna S. The human intersectin genes and their spliced variants are differentially expressed Biochim. Biophys. Acta 2001 1521, N 1–3 P. 1–11.
[4] Tsyba L., Gryaznova T., Dergai O., Dergai M., Skrypkina I., Kropyvko S., Boldyryev O., Nikolaienko O., Novokhatska O., Rynditch A. Alternative splicing affecting the SH3A domain controls the binding properties of intersectin 1 in neurons Biochem. Biophys. Res. Communs 2008 372, N 4 P. 929–934.
[5] Kropyvko S., Gerasymchuk D., Skrypkina I., Dergai M., Dergai O., Nikolaienko O., Rynditch A., Tsyba L. Structural diversity and differential expression of novel human intersectin 1 isoforms Mol. Biol. Rep 2009 37, 6, pp 2789-2796
[6] Singer G. A. C., Wu J., Yan P., Plass C., Huang T. H. M., Davuluri R. V. Genome-wide analysis of alternative promoters of human genes using a custom promoter tiling array BMC Genomics 2008 9, N 349 P. 1–15.
[7] Yamashita R., Suzuki Y., Wakaguri H., Tsuritani K., Nakai K., Sugano S. DBTSS: DataBase of Human Transcription Start Sites, progress report 2006 Nucl. Acids Res 2006 34 P. 86–89.
[8] Yamabhai M., Hoffman N. G., Hardison N. L., McPherson P. S., Castagnoli L., Cesareni G., Kay B. K. Intersectin, a novel adaptor protein with two Eps15 homology and five Src homology 3 domains J. Biol. Chem 1998 273, N 47 P. 31401–31407.
[9] Tong X. K., Hussain N. K., de Heuvel E., Kurakin A., AbiJaoude E., Quinn C. C., Olson M. F., Marais R., Baranes D., Kay B. K., McPherson P. S. The endocytic protein intersectin is a major binding partner for the Ras exchange factor mSos1 in rat brain EMBO J 2000 19, N 6 P. 1263–1271.
[10] He G., Wang H., Huang S., Huang C. Intersectin links WNK kinases to endocytosis of ROMK1 J. Clin. Invest 2007 117, N 4 P. 1078–1087.