Biopolym. Cell. 2009; 25(5):398-402.
Биоинформатика
Определение генов - мишеней транскрипционного фактора ISGF-3
1Токовенко Б. Т., 1Драгущенко А. А., 1Куклин А. В., 1Оболенская М. Ю.
  1. Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины
    ул. Академика Заболотного, 150, Киев, Украина, 03680

Abstract

Транскрипционных факторов ISGF-3 активируется в результате передачи сигнала от ИФНα доминирующим путем Jak-STAT. Цель работы заключалась в поиске сайтов связывания ISGF-3, позволяет выявлять гены первичного ответа на ИФНα. Методы. COTRASIF - веб-инструмент для всегеномного поиска эволюционно консервтивних регуляторных участков в промоторов генов эукариот, предлагающий три метода позиционно-весовых матриц (ТСМ), гибридный метод на основе скрытых моделей Маркова (ТСМ-ГСМ) и филогенетический футпринтинг. Результаты. Показано, что метод ТСМ-ГСМ имеет высшую специфичность поиска. Метод применен для выявления генов мишеней транскрипционного фактора ISGF-3. С применением филогенетического футпринтинга сформирована группа из 162 генов вероятной первичного ответа на ИФНα. Разработан и применен показатель надежности выявленных генов-мишеней. Выводы. На основе результатов поиска сайта связывания ISGF-3, статистического анализа с использованием онтологии Генов и вычисленных показателей надежности генов-мишеней 24 белок-кодирующих гены крысы определены как перспективные для изучения первичного ответа на ИФНα.
Keywords: интерферон, ISGF-3, COTRASIF, ИФНα

References

[1] Tokovenko B., Golda R., Protas O., Obolenskaya M., El'skaya A. COTRASIF: conservation-aided transcription-factorbinding site finder Nucl. Acids Res 2009 37, N 7 P. e49.
[2] Cartharius K., Frech K., Grote K., Klocke B., Haltmeier M., Klingenhoff A., Frisch M., Bayerlein M., Werner T. MatInspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites Bioinformatics 2005 21, N 13 P. 2933–2942.
[3] Horvath C. M. The Jak-STAT pathway stimulated by interferon alpha or interferon beta Sigtrans 2004 2004 260 P. tr10.
[4] Kel A. E., Gossling E., Reuter I., Cheremushkin E., Kel-Margoulis O. V., Wingender E. MATCH: a tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences Nucl. Acids Res 2003 31, N 13:3576–3579.
[5] Al-Shahrour F., Minguez P., Tarraga J., Montaner D., Alloza E., Vaquerizas J. M., Conde L., Blaschke C., Vera J., Dopazo J. BABELOMICS: a systems biology perspective in the functional annotation of genome-scale experiments Nucl. Acids Res 2006 34, suppl. 2:W472–W476.
[6] Wheeler D. L., Church D. M., Federhen S., Lash A. E., Madden T. L., Pontius J. U., Schuler G. D., Schriml L. M., Sequeira E., Tatusova T. A., Wagner L. Database resources of the national center for biotechnology Nucl. Acids Res 2003 31, N 1:28–33.
[7] Hoffmann R., Valencia A. A gene network for navigating the literature Nat. Genet 2004 36, N 7:664.
[8] Li X., Leung S., Burns C., Stark G. R. Cooperative binding of Stat1-2 heterodimers and ISGF3 to tandem DNA elements Biochimie 1998 80, N 8–9:703–710.
[9] Hannenhalli S., Levy S. Predicting transcription factor synergism Nucl. Acids Res 2002 30, N 19:4278–4284.
[10] Bluyssen H. A., Vlietstra R. J., van der Mada A., Trapman J. The interferon-stimulated gene 54 K promoter contains two adjacent functional interferon-stimulated response elements of different strength, which act synergistically for maximal interferon-alpha inducibility Eur. J. Biochem 1994 220, N 2:395–402.