Biopolymers and Cell. 2010; 26 (5): 390-397
Застосування моделі рівноважного зв’язування до аналізу конформаційних переходів у комплексах poly(rA)·poly(rU) з іонами металів
Ю. П. Благой, C. О. Єгупов, Є. Л. Усенко, Г. O. Гладченко, B. О. Сорокін
Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І. Вєркіна НAН України Проспект Леніна, 47, Харків, Україна, 61103
Мета. Роботу присвячено узагальненню отриманих раніше експериментальних результатів щодо впливу іонів металів (Mg2+, Ni2+ і Cd2+) на конформаційні переходи в poly(rA)·poly(rU). Мета роботи полягала у з’ясуванні впливу типу комплексу іона металу з полінуклеотидом на вид фазового переходу і визначенні констант їхнього зв’язування (К) з полімерами різної структури. Методи. Величини К визначали підгонкою теоретично розрахованих значень температур переходів до експериментальних за методом найменших квадратів з мінімізацією середньоквадратичного відхилення методом градієнтного спуску в багатовимірному просторі. Результати. Розрахунки фазових діаграм за присутності іонів Mg2+ показали можливість одержання задовільних результатів при використанні постійних, незалежних від концентрації середніх значень констант. У разі Ni2+ і Cd2+ такі залежності мають бути враховані, особливо в межах великих концентрацій іонів, де відбувається компактизація однонитчастої poly(rA). Встановлено, що відмінність діаграм з Ni2+ і Cd2+ обумовлена значною різницею у їхніх константах зв’язування з poly(rA) та poly(rU). Висновки. Отримані результати свідчать про можливість успішного опису конформаційних переходів у полінуклеотидах за присутності іонів металів при використанні модельної теорії рівноважного зв’язування.
Ключові слова: фазові діаграми, конформаційні переходи, іони металів, poly(rA), poly(rU), poly (rA)·poly(rU).