Biopolymers and cell. 2010; 26 (4): 311 - 316
Определение иерархии динамических доменов в белках: сравнение методов HDWA и HCCP
С. А. Есилевский
Цель. Существует несколько методов для определения иерархии динамических доменов в белках. Цель данной работы состояла в систематическом анализе двух недавно созданных методов – HCCP и HDWA – на основе тестового набора белков из разных структурных классов. Методы. Использованы методы HDWA и HCCP. Первый разработан для определения иерархии динамических доменов с использованием траекторий молекулярной динамики, тогда как второй основан на нормальных колебаниях упрощенной эластичной модели белка. Результаты. Установлено, что динамические домены, найденные методом HDWA, хорошо соответствуют доменам, определенным методом HCCP и с применением других подходов. В то же время HDWA правильно определяет подвижные петли в белках, чего трудно достичь другим способом. Выводы. Показано, что HDWA является мощным методом анализа траекторий молекулярной динамики для многодоменных белков.
Ключевые слова: динамические домены, идентификация доменов, HDWA, молекулярная динамика.