Белковый состав препаратов ядерного матрикса обладает выраженной видовой и тканевой специфичностью, выход суммарного белка в зтой фракции зависит от вида и пролиферативной активности клеток. В поддержании компактной структуры ядерного матрикса принимают участие дисульфидные группы белков.