Biopolymers and Cell 1985; 1(2):59-69
ПРИРОДА АССОЦИАЦИИ НУКЛЕОТИДНЫХ ОСНОВАНИЙ В ВОДЕ: МОДЕЛИРОВАНИЕ ГИДРАТАЦИИ ПИРИМИДИНОВЫХ ОСНОВАНИЙ И ИХ МОЛЕКУЛЯРНЫХ АССОЦИАТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ-КАРЛО
Данилов В. И., Толох И. С
Ин-т молекулярной биологии и генетики
Киев, АН УССР
Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 200 молекул воды). Показано, что стэкинг-взаимодействия молекул урацила и тимина в воде в основном возникают в результате увеличения взаимодействия вода — вода при переходе от мономеров к димеру. Обнаружено, чго в воде стопкообразные ассоциаты оснований энергетически более предпочтительны, чем пары оснований. Эта предпочтительность в основном обусловлена энергетически более выгодной структурой воды вокруг стопки. Моделирование гидратации различных стопкообразных днмеров тимина показало, что энергетически наиболее выгодным из них является тот, у которого метильные группы сближены |
|